＊大会回数をクリックすると抄録集目録が開きます。
| 大会回数 | 開催日 | 開催地 | 大会長 | テーマ |
| 第1回 | 1981年2月22日 | 東京 | 本部 | |
| 第2回 | 1982年2月21日 | 東京 | 馬島季麿 (公立阿伎留病院産婦人科） | |
| 第3回 | 1983年2月20日 | 東京 | ||
| 第4回 | 1984年2月26日 | 神戸 | 斎藤宗吾 (斎藤泌尿器科） | |
| 第5回 | 1985年2月17日 | 東京 | 河野友信 (都立駒込病院心身医療科) | |
| 第6回 | 1986年2月16日 | 東京 | 長田尚夫 (聖マリアンナ医科大学泌尿器科) | |
| 第7回 | 1987年5月10日 | 仙台 | 長池博子 (長池優性保護相談所) | |
| 第8回 | 1988年7月10日 | 東京 | 武田敏 (千葉大学教育学部) | |
| 第9回 | 1989年10月14,15日 | 北九州 | 岡村靖 (産業医科大学産婦人科) | |
| 第10回 | 1990年10月20日 | 大津 | 笠井寬司 (滋賀医科大学産婦人科) | |
| 第11回 | 1991年9月8日 | 浦安 | 阿部輝夫 (順天堂医科大学精神科） | |
| 第12回 | 1992年9月27日 | 四日市 | 亀谷謙 (小山田温泉記念病院婦人科) | |
| 第13回 | 1993年9月19日 | 神戸 | 山崎高明 (山崎産婦人科) | |
| 第14回 | 1994年9月 | 山形 | 廣井正彦 (山形大学産婦人科) | 見直そう新しい時代のヒューマンセクシャリティを |
| 第15回 | 1995年9月17日 | 浦和 | 矢追良正 (獨協医科大学越谷病院産婦人科） | 人間と性との関わりを見つめて |
| 第16回 | 1996年10月5，6日 | 札幌 | 熊本悦明 (札幌医科大学泌尿器科） | 人生80年時代における生と性・ エイズ時代におけるピルとコンドーム ・ 中高年の性の問題点とその対応 |
| 第17回 | 1997年10月4日 | 宇都宮 | 玉田太郎 (自治医科大学産婦人科） | セックスカウンセリング |
| 第18回 | 1998年10月23，24日 | 那覇 | 石津宏 (琉球大学精神科） | ー医学的、心理学的、社会文化的立場からー・ 脳と性・性同一障害と同性愛 ：脳と心・青少年の性 ー健全な性を目指して |
| 第19回 | 1999年10月9日 | 津 | 川野雅資 (三重県立看護大学） | 性科学のコラボレーション (多職種専門家による協働） |
| 第20回 | 2000年10月21日 | 東京 | 岩本晃明 (聖マリアンナ大学泌尿器科） | |
| 第21回 | 2001年10月21日 | 千葉 | 大川玲子 (国立千葉病院産婦人科） | 女性の健康とセクシュアリティ |
| 第22回 | 2002年10月20日 | 大阪 | 石河修 (大阪市立大学大学院産科婦人科学） | セクシュアリティーと女性のQOL |
| 第23回 | 2003年10月19日 | 東京 | 原科孝雄 (埼玉医科大学形成外科） | “性” その多様なるもの |
| 第24回 | 2005年2月13日 ＊1 | 東京 | 内野英幸 (新潟県小出保健所） | 人間行動学とセクシュアリティ： 性の健康を創る生き方、育て方、学び方̶ |
| 第25回 | 2005年11月6日 | 東京 | 麻生武志 (東京医科歯科大学生殖機能協関学） | 性科学の現状と展望 |
| 第26回 | 2006年11月19日 | 仙台 | 村口喜代 (村口きよ女性クリニック） | ジェンダーとセクシュアリティ |
| 第27回 | 2007年11月11日 | 千葉 | 高波眞佐治 (東邦大学佐倉病院泌尿器科） | ヒトの性行動を考える |
| 第28回 | 2008年10月5日 | 京都 | 菅沼信彦 (京都大学大学院人間健康科学系） | 男と女の間には… |
| 第29回 | 2009年11月1日 | さいたま | 塚田攻 (埼玉医科大学精神科） | 男と女はこうつくられる |
| 第30回 | 2010年10月17日 | 倉敷 | 永井敦 (川崎医科大学泌尿器科） | 男と女 ～性を科学する～ |
| 第31回 | 2011年10月2日 | 東京 | 茅島江子 (東京慈恵医科大学看護学科） | 性の健康を未来へつなぐ |
| 第32回 | 2012年8月4日 | 松江 | 大川玲子 (日本性科学会） | 第12回アジア･オセアニア性科学学会と併催 |
| 第33回 | 2013年9月15日 | 横浜 | 早乙女智子 (汐見台病院産婦人科） | 性科学から性哲学へ性科学の守備範囲再考̶ |
| 第34回 | 2014年10月12日 | 岡山 | 中塚幹也 (岡山大学ジェンダークリニック） | 生殖と性 |
| 第35回 | 2015年10月11日 | さいたま | 石原理 (埼玉医科大学産婦人科） | 性のディスクールを超えて |
| 第36回 | 2016年9月18日 | 長野 | 天野俊康 (長野赤十字病院泌尿器科） | 地域に根差した性の健康を考える |
| 第37回 | 2017年10月15日 | 大阪 | 山中京子 (大阪府立大学地域保健学域教育福祉学類） | セクシュアリティと教育・福祉・医療の交錯 |
| 第38回 | 2018年9月23日 | 名古屋 | 杉山正子 (すぎやまレディスクリニック） | 次世代につなぐ性科学 |
| 第39回 | 2019年10月6日 | 鹿児島 | 内田洋介 (高田病院泌尿器科） | 新時代の性科学を模索する ～明治維新ゆかりの地にて～ |
| 第40回 ＊2 | 2021年10月24日 | オンライン | 針間克己 （はりまメンタルクリニック） | Rainbow after the storm |
| 第41回 | 2022年8月28日 | オンライン | 森明子 （湘南鎌倉医療大学 看護学部） | 性のQOLを高める支援のために性科学ができること |
| 第42回 | 2023年10月1日 | 横浜 | 関口由紀 （女性医療クリニックLUNAグループ） | 性を深く掘る |
| 第43回 | 2024年9月16日 | 札幌 | 池田詩子 （宮の森レディースクリニック） | 多様性とギャップを考える |
＊1 当初2004年11月7日新潟市で開催予定だったが、新潟中越地震のため延期となった。
＊2 当初2020年10月25日東京で開催予定だったが、新型コロナウイルス感染症流行のため延期となった。