1 学術集会の開催
年1回。学会長の主催により、メインテーマに基づいて、講演、シンポジウム、会員の演題発表などが行われます。
2 研修会の開催
セックス・カウンセリングのための知識・技法・性科学の最新の知見、性の社会的問題の解説など、実践に役立つ内容です。本部企画と近畿地区研修会がそれぞれ年1回ずつあり、4回受講者（学術集会出席を含む)には修了証が授与されます。
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3 研究会の開催
研鎮と情報交換のための研究会を開催しています。具体的な症例について検討しあう症例研究会では、プライバシー保護のため、守秘義務のある資格取得者またはセックス・カウンセラー取得者限定となります。
4 学会誌、学会ニュースの発行
『日本性科学会雑誌』年2回、『日本性科学会ニュース』年4回発行。
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5 資格認定制度
セックス・カウンセラ一、セックス・セラピス卜を認定し、性に悩む方々の相談や治療に対応する体制を整えています。
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6 関連団体との交流
国内では日本性科学連合（JFS）、海外では性の健康世界学会（WAS）、アジア・オセアニア性科学会（AOFS）との交流を進め、また、GID（性同一性障害）学会、セクシュアリティ研究会などとの共同活動を行っています。
7 器材の開発と斡旋
腟拡張の治療器具「腟ダイレーター」を開発し、会員に斡旋しています。
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